Felsefe Ana Bilim Dalı Doktora Programı 2013 yılından başlayarak öğrenci alımına başlamıştır. Felsefe Ana Bilim Dalı, 2016-2017 eğitim-öğretim yılından bu yana “Felsefe Tarihi ve Sistematik Felsefe” ile “İslam ve Türk Felsefesi” olmak üzere iki ayrı program ile doktora eğitimini sürdürmektedir.